L'intro del gioco avrà inizio in un incubo creato dal subconscio di Heather, la protagonista del gioco. Al risveglio, la protagonista si ritroverà in un centro commerciale di una cittadina non distante da Silent Hill, dove era stata mandata dal padre per portare a termine un acquisto. Ancora scombussolata dal sogno, la ragazza telefona il padre per chiedergli se sta bene, ma mentre parla con il proprio genitore si accorge che c'è una persona che l'osserva. Notata la presenza sconosciuta, la ragazza decide di interrompere bruscamente la telefonata col padre e lentamente inizia ad andarsene fino a quando non viene raggiunta dalla persona che l'osservava: questi è intenzionato a dirle qualcosa ma Heather si rifiuta, fuggendo dall'uomo misterioso. Durante la fuga si ritroverà a tornare nel centro commerciale, dov'era prima, ma qualcosa è cambiato: non troverà nulla com'era prima né incontrerà le sue amiche o le persone intente a fare acquisti. Lei, intimorita, gira per tutto il centro commerciale per capire cosa sia successo, ma l'unica cosa che sente è un rumore sadico, scattante e malato; vi ricorda qualcosa? Questo capitolo, rispetto ai precedenti, avrà un tocco di solitudine e sadismo in più, ma sempre nei limiti... o quasi. In un primo momento, la trama si svolgerà in una cittadina al di fuori di Silent Hill, ma per nuovi e oscuri inconvenienti, si ritornerà nuovamente a Silent Hill, la città dell'Inferno e del Purgatorio. video intro gameplay:
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